Как владельческая местность, Клёново известно с начала XVII века в качестве вотчины князей Борятинских. В 1675 году село Клёново было продано князю С.В. Ромодановскому. После смерти Ромодановского, село перешло во владение его дочери, которая вышла замуж за князя Б.М. Черкасского. Таким образом, с 1634 и по 1812 годы Клёново находится во владении рода князей Черкасских. В это время и происходило формирование усадьбы. Была создана церковь Святителя и Чудотворца Николая с приделом Петра и Павла и каменной оградой, построен господский дом со службами, разбит сад с плодовыми деревьями.

В начале XIX века в связи с выходом княжны Анны Борисовны замуж за Ивановича Нейдгардта, известного государственного деятеля и военачальника, Клёновым владеют Нейдгардты.

В 1870 году А. Нейдгардт продаёт усадьбу московскому промышленнику Н.И. Колесову, на средства которого в 1871-1872 гг. на северной стороне храма был устроен новый придел в честь Иконы Владимирской Божьей Матери.

В 1874 году Н.И. Колесов продаёт усадьбу учителю Ф.В. Отто. В 1876 году Клёново продаётся московскому промышленнику А.И. Шамшину, во владении семьи которого усадьба находилась, по всей вероятности, до 1917 года.

Основными объектами усадьбы в настоящее время являются главный дом, церковь, парк.

В настоящее время главный дом представляет собой двухэтажное прямоугольное в плане здание, где по типу барских домов первый этаж кирпичный, а второй деревянный. Дом имеет восточное и западное крылья. Восточное крыло имеет более позднюю одноэтажную пристройку – хозяйственный флигель. Общее техническое состояние дома неудовлетворительное.

Церковь Николая Чудотворца, построенная в 1793 году, представляющая собой храм типа «восьмерик на четверике» с трапезной и колокольней, в настоящее время восстановлена и является действующей.

Липовый парк, разбитый пред южным фасадом главного дома, к настоящему времени утратил свою историческую границу и планировку.